Kolonoskopi sırasında barsak delinmesi, barsak kanaması gibi komplikasyonlar 1/1000 sıkılıkta ortaya çıkarlar. Tecrübeli ellerde bu komplikasyon oranı çok daha düşük olup bu istenmeyen durumların ortaya çıkması halinde ise kısa sürede yapılacak cerrahi müdahaleler ile sorun ortadan kaldırılabilmektedir.
