Kolonoskopi sayesinde bağırsak divertikülü, iltihabi bağırsak hastalığı, bağırsak kanseri vb. hastalıkların tanısı konulup, parça alınarak patolojik tetkikle ayırımı da gerçekleştirilebilir. Bu işlem sırasında, gerekiyorsa iç organların fotoğraflarının alınması mümkündür.